La justicia declaró la inconstitucionalidad de la conformación del Consejo de la Magistratura nacional, con el argumento de que la mayoría de los 13 miembros no son jueces sino políticos y de estos últimos se imponen los de pertenencia al partido gobernante, lo cual condiciona la elección y postulación de cada juez nacional.

El fallo fue resuelto por la sala II de la Cámara Contencioso Administrativo Federal y tiene una alta implicancia política para el gobierno nacional, porque el gobierno nacional recurrió en los últimos años a la mayoría en el Consejo de la Magistratura para promover funcionarios judiciales que muchas veces no negaban su afinidad con el oficialismo.

De hecho, la conformación de miembros del Consejo de la Magistratura con mayoría de políticos del partido gobernante tiene una línea lógica, que une al gobierno nacional. La presidenta Cristina Fernández cuando fue senadora impulsó el proyecto de reforma del Consejo y una vez en el gobierno obviamente defendió la estructura; mientras en el seno del poder judicial un grupo de funcionarios creó el grupo "Justicia Legítima", que sostiene que la justicia debe responder a un proyecto político que respete las voluntades de las mayorías

Sin embargo, contra esta postura está la corriente tradicional del derecho, que reconoce a la estructura judicial como trascendente al poder político, dado que la voluntad política es volátil y la justicia y sus funcionarios no puede estar sujeta a ella.

Antes de que prosperara el proyecto de CFK, el Consejo de la Magistratura tenía 20 miembros, con una conformación equilibrada entre funcionarios judiciales y el poder político de turno.

El fallo que declara la inconstitucionalidad de la reforma y constitución del Consejo tiene 28 páginas y fue en respuesta a un recurso planteado por el Colegio de Abogados porteño.

El gobierno nacional puede apelar el fallo ante la Corte Suprema de Justicia de la Nación.